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次世代シーケンス トランスクリプトーム解析

Service > NGS > transcriptome
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特徴  サンプル条件  サービス内容  納品物  価格・納期  お見積もり・資料請求

NovaSeq6000 相乗りサービス スタート!

  • 1レーンあたり750Gbの高出力により、シーケンスコストが格段にお安くなりました!
  • 1サンプル 0.4億read~/sample、44,000円(税別)より
  • 6~9週間で納品
  • Index hoppingの問題にも対応

※NovaSeq6000 1レーン、HiSeq4000 1レーンの解析もご利用いただけます。

pdf NovaSeq/HiSeq X 相乗りサービス フライヤー

new 最短2~4週間! Expressサービスをスタートしました!

 

特徴

 

mRNA-Seq 遺伝子発現量解析
【mRNA-Seq遺伝子発現量 × NovaSeq 6000 バリュープライス】

 

遺伝子配列リソースが充実した生物種における、mRNA-Seqによるサンプル間の遺伝子発現量 (Differential Expression)解析を行います。バイオインフォマティックスでは、マッピング、変異候補抽出をオプション解析することができます。

  • mRNA精製:ポリA精製 or rRNA枯渇
  • Strand specific ライブラリ調製
  • バイオインフォマティクス解析:遺伝子発現量解析 or 変異抽出解析ができる(変異抽出解析も可)

 

サンプル条件

 

RNAサンプルのご準備に際しての注意事項は以下の通りです。

 

  • 高品質のtotal RNAを2μg以上(濃度は20ng/μl以上)ご調製ください。
    ※rRNA枯渇を行う場合は、total RNAは推奨量5μg以上、必要量2.5μg以上(濃度は20ng/μl以上)ご調製ください。
  • 核酸定量は、蛍光測定法をお勧めします。サンプル量が規定量に満たない場合はご相談ください。
  • RNAサンプルはRNase-free水もしくは、市販RNA抽出キット付属の溶出液に溶解してください。
  • 電気泳動にてサンプルに分解がないことをご確認ください。
    ※品質が良くない場合は、特別な処理が必要になり、追加料金を頂戴することもございます。
  • DNAのコンタミネーションがないことを確認してください(DNase処理を推奨)。
  • ドライアイス梱包にてクール便で送付してください。
    ※ドライアイスの重みでチューブが破損することを防ぐため、塊状のドライアイスは細かくして頂き、輸送時の衝撃を和らげるため、梱包材を入れて頂くことをお勧めいたします。

 

サービス内容

 

  1. 受領したRNAサンプルについて、品質確認(サンプルQC)を行います。
  2. 目的に応じたRNAの精製を行います。
    ポリA精製 (*1) もしくは、rRNA枯渇処理 (*2)
  3. 精製したRNAの断片化を行います。
  4. ランダムプライマーを用いた逆転写反応により、cDNAを合成します。
  5. アダプター付加、2nd Strand cDNAの断片化を行い、Strand-specific mRNAライブラリーを調製します。
  6. 調製したライブラリーをシーケンシングします。
  7. (オプション解析)取得した配列を参照配列(*3)にマッピングし、遺伝子発現量の定量解析などを行います。

 

*1 mRNA-Seqライブラリ調製: ポリA精製

真核生物を対象とした標準ライブラリ調製方法です。total RNA をサンプルとしてお預かりして、ポリA精製を行い、mRNAを精製します。この mRNA を cDNA 化し、所定のアダプタを付加することにより、mRNA-Seq (Strand Specific)ライブラリを調製します。

 

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*2 mRNA-Seqライブラリ: 細菌の場合

rRNA 枯渇処理 (通常はIllumina RiboZeroを使用)

原核生物(細菌)の場合、mRNA は原則として ポリA構造を持たないため、これを用いた mRNA 精製が困難です。かといって精製を行わないでシーケンシングをしても、rRNA配列ばかりを読んでしまうことになります。細菌トランスクリプトーム解析を実現するためには、予めプローブによる rRNA 枯渇処理を行ってから、cDNA 化、ライブラリ調製を行う必要があります。生物種により相性がありますので、予めご相談ください。なお、実際の rRNA 枯渇の程度については、当社で保証することはできません。

ヒト・マウス・ラットの total RNA サンプルからも、rRNAを効率よく除去することができます。断片化が進んだFFPEサンプルのrRNA除去に有効なだけではなく、ポリA精製によって失われていた、ポリA末端を持たないトランスクリプトをシーケンス解析対象とすることが可能となります。詳細については、お問い合わせください。

 

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*3:参照配列

標準サービスでは、mRNA配列を参照配列としたマッピングを行います。
オプション解析として、参照ゲノム配列を対象としたマッピングを行います。

 

納品物

 

mRNA-Seq データのマッピング&遺伝子発現量解析

 

    解析なしの場合
  • Rawデータ(FASTQ形式)

    解析ありの場合
  • シーケンシング配列データ fastQ形式
  • マッピング結果データ bam形式
  • 遺伝子発現量データ Excelで閲覧可能な形式

 

価格・納期

 

mRNA-Seq遺伝子発現量解析

 

  • サンプルQC費用、Strand specificライブラリ調製費用を含みます。
  • NovaSeq 6000 2x150bp、0.4億read~/sample、6Gb~/sample
  • 納期:サンプルQC合格後6~9週
  • 参考価格:¥44,000(税別)
    遺伝子発現量解析:+¥20,000/サンプル

  • 出荷費用:USBメモリーの場合 ¥5,000(税別)、HDDの場合 ¥10,000(税別)

 

 

【1レーン参考価格】

 項目  価格(税別価格)
HiSeq 4000
2.5〜5億read
¥540,000 /4サンプル
<遺伝子発現量解析:+¥80,000/4サンプル>

 

  ※ NovaSeq 6000、1レーンの解析も承ります。詳しくはご相談ください。

 

【オプション】

 項目  価格(税別価格)
細菌、ヒト、マウス、ラット
mRNA-Seqの為の「rRNA枯渇サービス」
+¥30,000 /サンプル
サンプルQC(2回目以降) +¥3,000 /サンプル
サンプル返送 +¥3,000 /サンプル

 

  ※対応細菌種については、予めお問い合わせください。

 

お見積もり・資料請求

下記ボタンのリンク先ページに必要事項をご記入の上お申し込みください。

お見積り・資料請求


お問い合わせ

サービス詳細やご不明な点などお気軽にお問い合わせください。

ユーロフィンジェノミクス株式会社
次世代シーケンス プロダクトサポート
E-mail ngs-jp@eurofins.com
TEL 03-6701-8084

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HiSeq, MiSeqはIllumina社の、PacBio SequelはPacific Bioscience社の商標です。

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