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次世代シーケンス GRAS-Di®技術によるゲノム解析

Service > NGS > GRAS-Di
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特徴  サービス内容  ご依頼の流れ  参考価格・お問い合わせ

 

Information

 

 

特徴

 

ゲノムワイドなジェノタイピングでゲノム育種や自然集団解析をサポート
迅速なマーカー探索、マーカー選別、QTL解析、連鎖地図作製、集団遺伝学解析など

 

  • GBSやRAD-seqに比べて解析領域の偏りが少なく、ゲノム上一様なジェノタイピングが可能。
  • アンプリコン増幅の再現性が非常に高く、ジェノタイプデータの欠損が少ない。
  • ゲノム情報が利用可能な生物種では、アンプリコンマーカーのマッピングとSNP抽出も可能。
  • リファレンス配列が無い生物種においてもジェノタイピングが可能。
  • リファレンス配列が未決定の生物種においても、比較解析を行うサンプルがお手元にあれば、ゲノムワイドなジェノタイピング解析が可能。
  • 分離集団また自然集団においてもジェノタイピングが可能。

 

  • GRAS-Di®技術はトヨタ自動車株式会社にて開発されました。
  • GRAS-Di®はトヨタ自動車株式会社の登録商標です。
  • GRAS-Di(グラス ディーアイ) Genotyping by Random Amplicon Sequencing-Direct

 

pdf 新規GRAS-Di®技術によるゲノム解析 フライヤー(PDF)

 

pdf GRAS-Di®解析イメージ(PDF)

 

イルミナ株式会社ウェビナー「次世代シーケンサーを利用した新規genotyping技術GRAS-Di®の開発」

イルミナiSchool プロフェッショナルウェビナーはこちら

 

対応生物種
トヨタ自動車株式会社様 検証済み対応生物種(58生物種)
イネ
コムギ
トウモロコシ
サトウキビ

ダイズ
ラッカセイ
エンドウ
トマト
ナス
ピーマン
パプリカ
ジャガイモ
サツマイモ
キャベツ
レタス
ハクサイ
ダイコン
ブロッコリー
カリフラワー
ネギ
タマネギ
キュウリ
カボチャ
ホウレンソウ
ニンジン
ゴボウ

イチゴ
メロン
スイカ

サブクローバー
ホースグラム
ミヤコグサ

リンゴ
モモ
ナシ
オレンジ
カキ
ブドウ
イチジク
キウイ
ユズ
スダチ
プルーン

キク

スギ
サクラ
ヒト

ウシ
ブタ
ニワトリ

ウマ
ウサギ

ハムスター
モルモット
ラット

マグロ

シイタケ
マイタケ

 

ユーロフィンジェノミクス株式会社 受託実績 (数万検体以上)※
植物 (イネ、かんきつ類、バラ類、アブラナ科、セリ科)
動物 (魚類、貝類、昆虫類)
※一度に1,000検体以上のご依頼も承ります。

 

GRAS-Di®解析ソフトによる解析結果 (Excel形式) - イネの例
トヨタ自動車様プレゼンテーション資料より抜粋

 

よくあるご質問

 

サービス内容

 

ランダムプライマーセットを用いた2回のPCR反応により、ゲノムを一様にカバーしたアンプリコンを増幅後、次世代シーケンサーにてシーケンスを行い、独自に開発された ソフトでジェノタイピング解析を行います。

 

● 内容:ライブラリ調製からシーケンスデータ解析まで

  1. GRAS-Di®ライブラリ調製
  2. HiSeq4000によるシーケンス
  3. GRAS-Di®解析ソフトによるシーケンスデータの解析(アンプリコンの有無をベースにしたジェノタイピング結果、アンプリコンマーカーのマッピング結果)

 

● オプション:ゲノム情報が利用可能な生物種では、バイオインフォマティクスのご相談を承ります。
(SNP抽出)
※解析可能な生物種についてはお問い合わせください。

 

● 納品物

  • シーケンシング配列データ(fastq形式)
  • GRAS-Di®解析ソフトによる解析結果(Excelで閲覧可能な形式)
  • 共優性マーカーの詳細情報※
  • アンプリコンのマッピング位置情報※

※解析のご対応可能な場合に納品させて頂きます。

 

よくあるご質問

 

ご依頼の流れ

 

  • gDNA: >30ng/ul, >20ulをお送りください。
    (規定量に満たない場合はご相談ください)
  • 濃度はUVを用いた吸光光度法により測定・ご確認ください。
    (蛍光測定法による定量はご遠慮ください)
  • 冷蔵便もしくは冷凍便にてサンプルをご送付ください。
  • TEへ溶出したgDNAサンプルをご準備ください。

 

※ サンプルが規定量に達しない場合はご相談ください。

※ 電気泳動法などを利用し、RNAのコンタミネーションがないこと、gDNAが分解していないことをご確認ください。

※ サンプルの送付には、弊社にて対応可能な容器をご利用ください。他の形状の容器をご利用いただいた場合には、追加作業が発生するため、納期を変更させていただく場合や追加料金をご請求させていただく場合がございます。予めご了承ください。

 

サンプル発送時の注意事項
サンプルの送付には、弊社にて対応可能な容器をご利用ください。
他の形状の容器をご利用いただいた場合には、追加作業が発生するため、
納期を変更させていただく場合や追加料金をご請求させていただく場合がございます。予めご了承ください。

 

参考価格

 

ご計画の対象生物、サンプル数をお知らせください。 最適なプランをご提案いたします。

 

 

● 標準プラン(目安:96サンプル程度)

ライブラリー調製から、HiSeq4000シーケンスとGRAS-Di®データ解析まで

仕様 価格 納期
イネ、96サンプル、HiSeq4000 1レーンの場合 ¥650,000(税別)
1サンプル 約6,800円
サンプルQC合格後
7~10週間
イネ、192サンプル、HiSeq4000 2レーンの場合 ¥1,250,000(税別)
1サンプル 約6,500円
サンプルQC合格後
7~10週間
オプション(バイオインフォマティクス) ご相談 ご相談

 

NEW NovaSeq6000による大規模解析サービス(目安:1000サンプル程度)

ライブラリ調製から、NovaSeqシーケンスとGRAS-Di®データ解析まで
pdf GRAS-Di® NovaSeq6000大規模解析フライヤー

仕様 価格 納期
1000サンプル、NovaSeq6000 1レーン、データ解析ありの場合 ご相談 ご相談
1000サンプル、NovaSeq6000 1レーン、データ解析なしの場合 ご相談 サンプルQC合格後
9~12週間
オプション(バイオインフォマティクス) ご相談 ご相談

 

● 相乗りサービスによる小規模解析(目安:40~50サンプル程度)

ライブラリ調製から、HiSeq4000相乗りシーケンスとGRAS-Di®データ解析まで
pdf GRAS-Di®相乗りサービス フライヤー(PDF)

仕様 価格 納期
48サンプル、HiSeq4000 1/2レーン、データ解析あり ¥330,000(税別)
1サンプル 約6,800円
シーケンス開始後
7~10週間
オプション(バイオインフォマティクス) ご相談 ご相談

 

 

 

お見積もり・資料請求

下記ボタンのリンク先ページに必要事項をご記入の上お申し込みください。

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お問い合わせ

サービス詳細やご不明な点などお気軽にお問い合わせください。

ユーロフィンジェノミクス株式会社
次世代シーケンス プロダクトサポート
E-mail ngs-jp@eurofins.com
TEL 03-6701-8084

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HiSeq, MiSeqはIllumina社の、PacBio SequelはPacific Bioscience社の商標です。

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