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次世代シーケンス GRAS-Di®技術によるゲノム解析

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Information

 

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特徴

 

ゲノムワイドなジェノタイピング
コスト良く迅速に、マーカー探索、マーカー選抜、QTL解析、連鎖地図作成等をサポートいたします。

 

  • GBSやRAD-seqに比べて解析領域の偏りが少なく、ゲノム上一様なジェノタイピングが可能。
  • アンプリコン増幅の再現性が非常に高く、ジェノタイプデータの欠損が少ない。
  • ゲノム情報が利用可能な生物種では、アンプリコンマーカーのマッピングとSNP抽出も可能。
  • リファレンス配列が未決定の生物種においても、比較解析を行うサンプルがお手元にあれば、ゲノムワイドなジェノタイピング解析が可能。

 

  • GRAS-Di®技術はトヨタ自動車株式会社にて開発されました。
  • GRAS-Di®はトヨタ自動車株式会社の登録商標です。
  • GRAS-Di(グラス ディーアイ) Genotyping by Random Amplicon Sequencing-Direct

 

pdf 新規GRAS-Di®技術によるゲノム解析 フライヤー(PDF)

 

イルミナ株式会社ウェビナー「次世代シーケンサーを利用した新規genotyping技術GRAS-Di®の開発」

イルミナiSchool プロフェッショナルウェビナーはこちら

 

 

サービス内容

 

ランダムプライマーセットを用いた2回のPCR反応により、ゲノムを一様にカバーしたアンプリコンを増幅後、次世代シーケンサーにてシーケンスを行い、独自に開発された ソフトでジェノタイピング解析を行います。

 

● 内容:ライブラリ調製からシーケンスデータ解析まで

  1. GRAS-Di®ライブラリ調製
  2. HiSeq2500によるシーケンス
  3. GRAS-Di®解析ソフトによるシーケンスデータの解析(アンプリコンの有無をベースにしたジェノタイピング結果)

 

● オプション:ゲノム情報が利用可能な生物種では、バイオインフォマティクスのご相談を承ります。
(アンプリコンマーカーのマッピングやSNP抽出)
※解析可能な生物種についてはお問い合わせください。

 

● 納品物:シーケンシング配列データ FastQ形式, GRAS-Di®解析ソフトによる解析結果(Excelで閲覧可能な形式)

対応生物種
GRAS-Di®で解析可能な生物種は以下の58種です(2017年9月時点)。
イネ
コムギ
トウモロコシ
サトウキビ

ダイズ
ラッカセイ
エンドウ
トマト
ナス
ピーマン
パプリカ
ジャガイモ
サツマイモ
キャベツ
レタス
ハクサイ
ダイコン
ブロッコリー
カリフラワー
ネギ
タマネギ
キュウリ
カボチャ
ホウレンソウ
ニンジン
ゴボウ

イチゴ
メロン
スイカ

サブクローバー
ホースグラム
ミヤコグサ

リンゴ
モモ
ナシ
オレンジ
カキ
ブドウ
イチジク
キウイ
ユズ
スダチ
プルーン

キク

スギ
サクラ
ヒト

ウシ
ブタ
ニワトリ

ウマ
ウサギ

ハムスター
モルモット
ラット

マグロ

シイタケ
マイタケ
GRAS-Di®解析ソフトによる解析結果 (Excel形式) - イネの例
トヨタ自動車様プレゼンテーション資料より抜粋

 

よくあるご質問

 

ご依頼の流れ

 

  • gDNA: >30ng/ul, >20ulをお送りください。
    (規定量に満たない場合はご相談ください)
  • 濃度はUVを用いた吸光光度法により測定・ご確認ください。
    (蛍光測定法による定量はご遠慮ください)
  • 冷蔵便もしくは冷凍便にてサンプルをご送付ください。
  • TEへ溶出したgDNAサンプルをご準備ください。

 

※ サンプルが規定量に達しない場合はご相談ください。

※ 電気泳動法などを利用し、RNAのコンタミネーションがないこと、gDNAが分解していないことをご確認ください。

 

参考価格

 

ご計画の対象生物、サンプル数をお知らせください。 最適なプランをご提案いたします。

 

 

ライブラリー調製から、HiSeq2500シーケンスとGRAS-Di®データ解析まで

例1)イネ,96サンプル,1レーンの場合 ¥650,000(税別)
1サンプル 約6,800円
例2)イネ,96サンプル,2レーンの場合 ¥1,250,000(税別)
1サンプル 約6,500円
オプション(バイオインフォマティクス) ご相談

 

 

お見積もり・資料請求

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お問い合わせ

サービス詳細やご不明な点などお気軽にお問い合わせください。

 

ユーロフィンジェノミクス株式会社
次世代シーケンス プロダクトサポート
E-mail ngs-jp@eurofins.com
TEL 03-5492-7214

 

 

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HiSeq, MiSeqはIllumina社の、PacBio SequelはPacific Bioscience社の商標です。

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