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次世代シーケンス ゲノム解析

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特徴  サンプル条件  サービス内容  納品物  価格・納期  お見積もり・資料請求

 

特徴

 

ゲノム解析
【ゲノム解析 HiSeq 2500 バリュープライス】

 

ゲノム情報が利用可能な生物種の変異・バリアントの探索を目的とした、ゲノムリシーケンシング解析を行います。 ゲノム情報が利用できない生物種でも、バイオインフォマティクス解析なしのゲノムシーケンスまでは行います。

  • 標準ゲノムショットガン: インサートサイズ300bp
  • カスタムゲノムショットガン:インサートサイズ150bp, 500bp, 700bp
  • バイオインフォマティクス解析:参照ゲノム配列へのマッピング、変異候補探索、変異候補部位のアノテ ーション付与

 

サンプル条件

 

DNAサンプルのご準備に際しての注意事項は以下の通りです。

 

  • 標準ゲノムショットガン:高品質のゲノムDNAを2μg以上(濃度は20ng/μl以上)ご調製ください。
  • カスタムゲノムショットガン:高品質のゲノムDNAを5μg以上(濃度は20ng/μl以上)ご調製ください。
  • 核酸定量は、蛍光測定法をお勧めします。サンプル量が規定量に満たない場合はご相談ください。
  • DNAサンプルはTEもしくは、市販DNA抽出キット付属の溶出液に溶解してください。
  • 電気泳動にてサンプルに分解がないことをご確認ください。
    ※品質が良くない場合は、特別な処理が必要になり、追加料金を頂戴することもございます。
  • RNAのコンタミネーションがないことを確認してください(RNase処理を推奨)。
  • 冷蔵もしくは冷凍便にて送付してください。

 

サービス内容

 

  1. 受領したDNAサンプルについて、品質確認(サンプルQC)を行います。
  2. ご指定のサイズにDNAを断片化後、サイズセレクションを行います(*1)
  3. 断片化したDNAにアダプターを付加し、ゲノムショットガンライブラリーを調製します。
  4. 調製したライブラリーをシーケンシングします。
  5. (オプション解析)参照ゲノムにマッピングした後、変異箇所の抽出などの解析が可能です。

 

*1:DNAの断片化及びサイズセレクション

・ゲノム ショットガン ライブラリ調製: 300 bpインサート

 

ゲノムDNAをサンプルとしてお預かりて調製する、標準のゲノムショットガンライブラリとなります。物理的切断によりゲノムDNAを約 300bp の大きさに切断し、所定のアダプタを付加することにより、ゲノムショットガンライブラリを調製します。HiSeq 2500/2000 2x100bp 解析では、インサート長平均 300bp のゲノムインサートの両端 100bp をシーケンシングします。

 

・ゲノム ショットガン ライブラリ調製: 150, 500, 700 bpインサート

 

標準では 300bp のインサートサイズのゲノムショットガンライブラリですが、150bp, 500bp, 700bp のインサートサイズのカスタムサイズのゲノムショットガンライブラリを調製することも可能です。標準300bpよりも長いインサートサイズのライブラリをシーケンシング解析することで、de novo アセンブルの精度向上の可能性が高まります。HiSeq 2500/2000 2x100bp 解析では、インサート長平均 300bp のゲノムインサートの両端 100bp をシーケンシングします。

 

ゲノムショットガンライブラリ調整

 

納品物

 

DNA-Seq データのマッピング&変異解析

 

    解析なしの場合
  • シーケンシング配列データ(Rawデータ):FASTQ形式 解析ありの場合

    解析ありの場合
  • シーケンシング配列データ(クリーニング後):FASTQ形式
  • マッピング結果データ: bam形式
  • 変異解析結果データ: vcf形式(例示の図表をご覧ください)

 

DNA-Seq データのマッピング&変異解析

 

価格・納期

 

ゲノム解析

 

  • サンプルQC、ライブラリ調製、出荷費用を含みます
  • Hiseq2500/2000  2×100bp (*), 4Gb/total〜
  • 納期 : 7~10週

 

* 2x125bpの場合の価格・納期についてはご相談ください。

 

 項目  価格(税別価格)
バリュープライス ¥95,000 /1サンプル
<変異候補抽出解析 +¥80,000>
4サンプル マルチプレックスバリュープライス ¥250,000 /4サンプル
<変異候補抽出解析 +¥125,000>
8サンプル マルチプレックスバリュープライス ¥370,000 /8サンプル
<変異候補抽出解析 +¥185,000>

 

【オプション】

 項目  価格(税別価格)
500~700bpのカスタムサイズライブラリ対応 +¥10,000~/ライブラリ
変異候補部位のアノテーション付与サービス +¥50,000~/解析

 

 

お見積もり・資料請求

下記ボタンのリンク先ページに必要事項をご記入の上お申し込みください。

 

お見積り・資料請求

 


お問い合わせ

サービス詳細やご不明な点などお気軽にお問い合わせください。

 

ユーロフィンジェノミクス株式会社
次世代シーケンス プロダクトサポート
E-mail ngs-jp@eurofins.com
TEL 03-5492-7214

 

 

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HiSeq, MiSeqはIllumina社の、PacBio SequelはPacific Bioscience社の商標です。

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