PROD - TOK

10.0.0.0 | 9.0.86.12

0 アイテム

NGS / de novo トランスクリプトーム解析

Service > NGS > denovo_transcriptome
Print

特徴  サンプル条件  サービス内容  納品物  価格・納期  お見積もり・資料請求

 

特徴

 

de novoトランスクリプトーム解析
【de novoトランスクリプトーム解析 HiSeq 2500 バリュープライス】

 

遺伝子配列リソースを利用できない生物種において、mRNA-Seq解析を行ってde novoアセンブルを行って遺伝子配列を構築します。

  • mRNA精製:ポリA精製 or rRNA枯渇
  • Strand specific ライブラリ調製
  • バイオインフォマティクス解析:de novoアセンブル、(オプション)構築した遺伝子配列をリファレンスにして遺伝子発現量解析も対応可能です。

 

de novo トランスクリプトーム解析

 

サンプル条件

 

RNAサンプルのご準備に際しての注意事項は以下の通りです。

 

  • 高品質のtotal RNAを2μg以上(濃度は20ng/μl以上)ご調製ください。
  • 核酸定量は、蛍光測定法をお勧めします。サンプル量が規定量に満たない場合はご相談ください。
  • RNAサンプルはRNase-free水もしくは、市販RNA抽出キット付属の溶出液に溶解してください。
  • 電気泳動にてサンプルに分解がないことをご確認ください。
    ※品質が良くない場合は、特別な処理が必要になり、追加料金を頂戴することもございます。
  • DNAのコンタミネーションがないことを確認してください(DNase処理を推奨)。
  • ドライアイス梱包にてクール便で送付してください。

 

サービス内容

 

  1. 受領したRNAサンプルについて、品質確認(サンプルQC)を行います。
  2. 目的に応じたRNAの精製を行います。
    ポリA精製 (*1) もしくは、rRNA枯渇処理 (*2)
  3. 精製したRNAの断片化を行います。
  4. ランダムプライマーを用いた逆転写反応により、cDNAを合成します。
  5. アダプター付加、2nd Strand cDNAの断片化を行い、Strand-specific mRNAライブラリーを調製します。
  6. 調製したライブラリーをシーケンシングします。
  7. 取得した配列をアセンブルして遺伝子配列を構築します。
  8. (オプション解析)構築した遺伝子配列をリファレンスとして遺伝子発現量の定量解析を行います。

 

※上記以外の解析をご希望の場合は別途ご相談対応となります。

 

*1 mRNA-Seqライブラリ調製: ポリA精製

真核生物を対象とした標準ライブラリ調製方法です。total RNA をサンプルとしてお預かりして、ポリA精製を行い、mRNAを精製します。この mRNA を cDNA 化し、所定のアダプタを付加することにより、mRNA-Seq (Strand Specific)ライブラリを調製します。

 

memo3

 

*2 mRNA-Seqライブラリ: 細菌の場合

rRNA 枯渇処理 (通常はIllumina RiboZeroを使用)

原核生物(細菌)の場合、mRNA は原則として ポリA構造を持たないため、これを用いた mRNA 精製が困難です。かといって精製を行わないでシーケンシングをしても、rRNA配列ばかりを読んでしまうことになります。細菌トランスクリプトーム解析を実現するためには、予めプローブによる rRNA 枯渇処理を行ってから、cDNA 化、ライブラリ調製を行う必要があります。生物種により相性がありますので、予めご相談ください。なお、実際の rRNA 枯渇の程度については、当社で保証することはできません。

ヒト・マウス・ラットの total RNA サンプルからも、rRNAを効率よく除去することができます。断片化が進んだFFPEサンプルのrRNA除去に有効なだけではなく、ポリA精製によって失われていた、ポリA末端を持たないトランスクリプトをシーケンス解析対象とすることが可能となります。詳細については、お問い合わせください。

 

memo4

 

納品物

 

mRNA-Seq データのアセンブル&遺伝子発現量解析

 

  • シーケンシング配列データ (クリーニング後):FASTQ形式
  • de novoアセンブルにより得られたコンティグ配列/トランスクリプト配列:FASTA形式

 

    <発現量解析ありの場合>
  • 遺伝子発現量データ Excelで閲覧可能な形式

 

価格・納期

 

※価格・納期についてはご相談ください。

 

 

お見積もり・資料請求

下記ボタンのリンク先ページに必要事項をご記入の上お申し込みください。

 

お見積り・資料請求

 


お問い合わせ

サービス詳細やご不明な点などお気軽にお問い合わせください。

 

ユーロフィンジェノミクス株式会社
次世代シーケンス プロダクトサポート
E-mail ngs-jp@eurofins.com
TEL 03-5492-7214

 

 

ページ先頭へ戻る

HiSeq, MiSeqはIllumina社の、PacBio SequelはPacific Bioscience社の商標です。

Change Region Europe | America | India