(研究用) SARS-CoV-2 次世代シーケンシング解析

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ARTIC SARS-CoV-2 RNAシーケンス

【特長】

RNAサンプルからcDNAへの逆転写後、ARTIC V3プライマー（200を超えるプライマーペアで構成され、29.9 kbのウイルスゲノム全体をカバー）を使用したPCR操作を行います。SARS-CoV-2ウイルスゲノムをカバーするアンプリコン増幅によって、より微量なRNA(>1000コピー)の解析が可能です。
SARS-Cov-2次世代シーケンシング解析は、感染症疫学、各種コロナ研究プロジェクト、ワクチン開発のためのウイルス変異体の同定など、多様な研究アプリケーションをサポートします。

【受入サンプル】

抽出RNA (DNAseフリー) min.100ng/サンプル (5ng/μl in 20μL)

RNA量：	ウイルスからの抽出RNAについてqPCRアッセイを使用してご確認ください。必要CT値は18〜35の間、12〜15の場合はサンプルを水で100倍に希釈してください。15〜18の場合は水で10倍に希釈してください。これによりPCR阻害の可能性が低くなります。
RNA純度：	OD 260/280：1.8-2.0; OD 260/230：2.0-2.2; RINまたはRQI値≥8
容量：	20µl (5ng/μl)

【解析場所】

ドイツ

【サービス内容】

cDNAの調製
ARTIC V3プライマーを使用したウイルスゲノムの濃縮とライブラリー調製
illuminaシーケンシング, 2x150bpペアエンドリード, 期待リード数：平均 5M Read
プライマーのトリミングとSARS-CoV-2リファレンスへのマッピング
SNPテーブル、ゲノムカバレッジが90％を超えるサンプルのアラインメントベースのコンセンサス*ウイルスゲノム配列生成
（*コンセンサス配列は、十分なカバレッジ（SARS-CoV-2ゲノム >95％かつ　>3x最小カバレッジ）を持つ分離サンプルに対して決定されます）
ISO17025認定施設での作業