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NGS / de novo ゲノム解析 (PacBio RSII)

Service > NGS > denovo_genome_pacbiors2
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特徴  サンプル条件  サービス内容  納品物  価格・納期  お見積もり・資料請求

 

特徴

 

PacBio RSIIは、前処理のPCR増幅を行わない1分子によるリアルタイム(SMRT)解析です。P6C4系に対応し、20kbサイズを目安に可能な限り大きなライブラリサイズで調製を行います。より大きなギャップのクローズが期待できます。 de novoゲノム解析に最適なロングリードによるシーケンスです。

 

  • データ量:1SMRT Cellあたり0.4Gb以上
  • 最大リード長:40kb以上
  • ライブラリサイズ:20kb

PacBio RSII

 

サンプル条件

 

DNAサンプルのご準備に際しての注意事項は以下の通りです。

 

  • 高品質のゲノムDNAを20μg以上(濃度は100-300ng/μl)ご調製ください。
  • 核酸定量は、蛍光測定法をお勧めします。サンプル量が規定量に満たない場合はご相談ください。
  • DNAサンプルはTEもしくは、市販DNA抽出キット付属の溶出液に溶解してください。
  • 電気泳動にてサンプルに分解がないことをご確認ください。
  • RNAのコンタミネーションがないことを確認してください(RNase処理を推奨)。
  • 冷蔵もしくは冷凍便にて送付してください。

 

サービス内容

 

  1. 受領したDNAサンプルについて、品質確認(サンプルQC)を行います。
  2. DNAを断片化後、BluePippinによるサイズセレクションを行います(*1)。
  3. 磁気ビーズによるDNA精製後、20kbを目安に可能な限り大きいインサートサイズのSMRT Bellライブラリ調製を行います。
  4. 調製したライブラリーをPacBio RSII P6C4系 SMRT cellによりシーケンシングします。
  5. (オプション解析)HGAPによりde novoアセンブルを行います。

 

※PacBio RSII 次世代シーケンシングサービスは、リード数、リード長、総解析塩基数、データ品質、納期について、当社にて一切の保証をすることができません。

 

納品物

 

<解析なしの場合>

  • PacBio RSIIシーケンサの出力データ(bas.h5形式、bas.x5形式)
  • リード配列及び各塩基のクオリティデータ(FASTA形式、FASTQ形式)
  • シーケンス及びデータ解析結果のサマリーレポートファイル(PDF形式)

 

<解析ありの場合>

  • PacBio RSIIシーケンサの出力データ(bas.h5形式、bas.x5形式)
  • リード配列及び各塩基のクオリティデータ(FASTA形式、FASTQ形式)
  • de novoアセンブル解析により得られたコンティグ配列データ(FASTA形式)
  • シーケンス及びデータ解析結果のサマリーレポートファイル(PDF形式)

 

価格・納期

 

de novoゲノム解析(PacBio RSII)

 

  • サンプルQC、SMRT Bellライブラリ調製、出荷費用を含みます
  • PacBio RSII 20kbを目安として可能な限り大きいSMRT Bellライブラリ調製
    最大40kb/read, 1 SMRT Cell, 0.4-0.5Gb/total

 

  • バイオインフォマティックス解析:なし
  • 参考価格 44万円(税別)
  • 納期 :10~12週

 

  • バイオインフォマティックス解析:de novoアセンブル解析
  • 参考価格 50万円(税別)
  • 納期 :10~12週

 

その他、詳細は「お見積もり・資料請求」よりお問合せ下さい。

 

 

お見積もり・資料請求

下記ボタンのリンク先ページに必要事項をご記入の上お申し込みください。

 

お見積り・資料請求

 


お問い合わせ

サービス詳細やご不明な点などお気軽にお問い合わせください。

 

ユーロフィンジェノミクス株式会社
次世代シーケンス プロダクトサポート
E-mail ngs-jp@eurofins.com
TEL 03-5492-7214

 

 

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HiSeq, MiSeqはIllumina社の、PacBio SequelはPacific Bioscience社の商標です。

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